O controlo químico da qualidade da água dos aquários e dos diferentes circuitos do Aquário Vasco da Gama é da responsabilidade do Gabinete de Química e Patologia. Este gabinete recolhe periodicamente amostras de água em diferentes pontos dos circuitos e dos filtros. As amostras são posteriormente analisadas com o objetivo de determinar alguns parâmetros físico-químicos tais como temperatura, pH, oxigénio dissolvido, amónia, nitritos, nitratos, fosfatos, dureza, dióxido de carbono, salinidade, etc...
O conhecimento dos níveis destes parâmetros permite-nos controlar a qualidade da água de acordo com as exigências das diferentes espécies, controlar a eficiência dos sistemas de filtração e verificar o equilíbrio ou desequilíbrio do aquário.