A 18 de setembro de 1878, a Fragata D. Fernando II e Glória concluía a sua última viagem no mar.
Depois de largar do Funchal a 29 de agosto, a fragata não encontrou vento que lhe garantisse atingir o porto de Angra, conforme planeado, e, a 5 de setembro, o comandante desistiu de tentar cumprir a missão e mandou soltar rumo a Lisboa. Apanhou vento favorável de força seis que lhe permitiu atingir 8 nós e fundear no Tejo a 18 de setembro.
O comandante foi considerado preso e submetido a Conselho de Guerra, por ter arribado o navio, não acabando de cumprir a missão.
Depois desta viagem de um mês e vinte e um dias, em missão de instrução de guardas-marinhas e aspirantes, a fragata D. Fernando II e Glória não mais cruzou os oceanos.