A 19 de setembro de 1798, a “Esquadra do Oceano”, comandada pelo Marquês de Nisa, D. Domingos Xavier de Lima, inicia o bloqueio naval à ilha de Malta. Enquadrado na Esquadra Inglesa de Horatio Nelson, em cooperação com os ingleses no Mediterrâneo, a atuação das forças do almirante português foi essencial na libertação daquela ilha e no auxílio prestado à população que se tinha revoltado contra a ocupação francesa.
A Esquadra larga do Tejo a 5 de maio de 1798 com o objetivo de auxiliar as forças navais inglesas no combate às forças francesas, que na altura estavam a prestar apoio à expedição de Napoleão no Egipto. A Esquadra do Oceano, composta por 4 naus, a “Príncipe Real”, de 90 peças, a “Rainha de Portugal”, de 74 peças, a “Afonso de Albuquerque” e a “S. Sebastião”, de 64 peças; bem como pela fragata “Benjamim”, de 26 peças e pelo bergantim “Falcão”, de 24 peças, zarpou de Lagos a 13 de julho, dirigindo-se ao Mediterrâneo.
Nisa vai dirigir-se primeiro a Cádis, seguindo depois para a Córsega e chegando a atingir, a 27 de agosto, o porto de Alexandria, que sofria um bloqueio da esquadra inglesa, após a vitória sobre a esquadra francesa, na batalha de Abuquir. Após retornar para junto da costa da Sicília, a esquadra portuguesa recebe ordens do Almirante Nelson para bloquear a ilha de Malta, onde a 2 de setembro se tinha iniciado uma insurreição da população local contra a ocupação francesa da mesma. Chegando à ilha no dia seguinte, as forças de Nisa de imediato procederam ao bloqueio dos navios franceses no porto de La Valetta e à patrulha da costa norte da ilha.
Para além do bloqueio naval, impedindo assim as comunicações dos franceses com a ilha, a Esquadra do Oceano também cedeu aos revoltosos malteses armamento e munições, bem como um destacamento de 20 artilheiros, comandados pelo Capitão-tenente António Gonçalves Pereira, para apoiar os combates terrestres na ilha. A 26 de outubro termina a primeira intervenção portuguesa no Bloqueio de Malta, tendo sido apresados nove navios que tentaram furar o bloqueio. As forças portuguesas são rendidas por navios ingleses e retiram-se para Nápoles, à exceção do destacamento dos artilheiros que se mantêm na ilha, contribuindo para o esforço maltês contra as tropas napoleónicas.