Até ao séc. XVIII não existiu em Portugal um corpo permanente de médicos ou cirurgiões afetos às Forças Armadas, apesar de já desde 1605 o monarca D. Filipe II reconhecer a necessidade da prestação de assistência médica aos militares da Armada, determinando a criação de uma enfermaria no Real Hospital de Todos os Santos especialmente dedicadas a estes.
Porém, não se conhece se este projeto realmente se concretizou, apenas se conhecendo que os profissionais de saúde até ao séc. XVIII eram contratados a termo certo consoante a sua necessidade para as viagens marítimas e dispensados no fim destas.
Após algumas iniciativas na área da saúde militar, só no reinado de D. João V e pela iniciativa do Secretário de Estado da Marinha D. Rodrigo de Sousa Coutinho, foi incumbido o físico-mor da Armada Inácio Xavier da Silva de encontrar um espaço adequado para acomodar um hospital dedicado aos militares da Armada.
Pelo alvará de 27 de setembro de 1797, o Príncipe Regente D. João consignou o local do antigo Convento de S. Francisco Xavier para a construção do Hospital Real da Armada, que foi inaugurado em 1806. Sendo dos primeiros edifícios em Portugal construído de raiz unicamente para funções hospitalares, acolheu ilustres médicos e foi pioneiro nas áreas da cirurgia, psiquiatria, medicina tropical e uso de antibióticos no país.