No ano de 1534 foi lançado ao mar o então maior navio de guerra do mundo, com 1000 toneladas de deslocamento e 366 canhões.
O galeão São João Baptista, serviu no Mediterrâneo, com destaque na conquista de Túnis e no Atlântico.
Após o golpe do corsário Barba-Roxa e expulsão do rei legítimo de Túnis, no ano de 1535, D. João III ordena o envio de uma poderosa armada para a região comandada por António de Saldanha e composta por duas naus, vinte caravelas e o galeão São João Baptista. A armada partiu de lisboa nos primórdios de abril, e a 14 de julho atacou Túnis.
O São João Baptista bombardeou impiedosamente as tropas inimigas, num total de 6 horas de fogo contínuo. Eliminadas as defesas do inimigo as forças portuguesas marcharam sobre Túnis e recolocaram no trono o monarca legítimo.
Anos mais tarde, em 1550, o São João Baptista foi enviado para o Brasil para auxiliar os navios mercantes no escoamento de produtos da colónia. Foi nesta missão que o responsável pela coordenação da artilharia do navio, João de Sousa Pereira, ganhou o epíteto de “Botafogo", designação essa que ficou vincada ao São João Baptista.
João de Sousa Pereira, o “Botafogo", esteve empenhado em combates no Brasil contra os franceses e os índios tupis e, por tal, foi recompensado com terras na baía de Guanabara, área que denominou de Botafogo, e que atualmente constituem um dos bairros da cidade do Rio de Janeiro.