Esculpida em madeira, esta estatueta fez parte de uma das viagens mais importantes da história marítima portuguesa e mundial, a descoberta do caminho marítimo para a Índia em 1498.
No dia 8 de agosto de 1497, Vasco da Gama partiu do Tejo rumo à Índia, chefiando uma armada composta por duas naus, a S. Gabriel, da qual era o comandante, e a S. Rafael, comandada pelo seu irmão Paulo da Gama, a caravela Bérrio e uma naveta de transporte de mantimentos.
O Arcanjo seguiu na nau S. Rafael, assistindo assim à expedição que iria resultar na descoberta do caminho marítimo para a Índia. Após dez meses de viagem e inúmeros obstáculos ultrapassados, a frota portuguesa chegou ao destino, no dia 20 de maio de 1498. Estava concluída, com sucesso, a primeira ligação marítima direta entre a Europa e a Índia, e ficava definida a rota a que mais tarde se chamaria Carreira da Índia.
Na viagem de regresso, a nau de Paulo da Gama acabou por se afundar e a única peça recuperada foi a estatueta do Arcanjo São Rafael. Em honra do seu irmão, Vasco da Gama passou a transportar o Arcanjo consigo nas suas viagens. Esta é a principal razão pela qual o valor histórico desta estatueta é enorme, pois “assistiu” à chegada dos portugueses à India e resistiu ao naufrágio do seu navio.
Regressou com Vasco da Gama à India e aí permaneceu após a sua morte em 1524. Em 1600, voltou para Portugal, trazida por D. Francisco da Gama, seu bisneto. Mas, foi apenas em 1880 que esta estatueta veio para os Jerónimos, aquando da transladação dos ossos de Vasco da Gama para o Mosteiro. Em 1950, acabaria por ser doada ao Museu de Marinha, sendo uma das das peças mais antigas e valiosas, presentes na exposição permanente do Museu de Marinha.