Construído em Newcastle pelos estaleiros da “Hawthorn, Leslie & Company”, o aviso Afonso de Albuquerque foi lançado à água em 28 de maio de 1934, e aumentado ao efetivo dos navios da Armada em 31 de janeiro do ano seguinte. Fazia parte do chamado “Programa Magalhães Correia”. Deu o nome à classe dos Avisos de 1ª Classe, à qual pertencia o Bartolomeu Dias.
Efetuou a sua viagem inaugural, de Inglaterra para Lisboa em companhia do submersível Espadarte, da Segunda Esquadrilha, tendo entrado no Tejo a 7 de março. Em 8 de Outubro de 1936, tomou parte com o contratorpedeiro Dão na revolta dos navios ligada ao movimento político da Frente Popular Portuguesa, em apoio da Organização Revolucionária da Armada, tendo o navio sido tomado pela sua guarnição, com o objetivo de reivindicar a integração de marinheiros expulsos e presos, juntamente com o Dão, na sequência das operações de navios portugueses em portos espanhóis durante a Guerra Civil de Espanha. A artilharia governamental instalada nas duas margens do rio Tejo alvejou os navios, que sofreram baixas e grandes estragos, ficando os seus objetivos neutralizados. A recuperação do “Afonso de Albuquerque” foi efetuada na Doca da C.U.F., e só foi concluída em dezembro de 1937.
Efetuou diversas viagens de representação ao Ultramar, em 1938/39, e algumas comissões nos Açores e Madeira. Em 1941 recolheu os náufragos do navio inglês “Nova Scotia”, atacado ao largo da África do Sul, e durante a Segunda Guerra Mundial desempenhou diversas missões de soberania. Em 1945 foi para Timor, apoiar a reocupação do território, após rendição japonesa. Tendo cumprido diversas comissões na Índia, Moçambique, Timor e Extremo-Oriente, em 1960 regressou aos territórios indianos.
Em 18 de Dezembro de 1961 encontrava-se no Porto de Mormugão quando foi atacado por uma força de navios indianos, apoiando a invasão dos territórios portugueses. O seu comandante, Capitão-de-mar-e-guerra Cunha Aragão decidiu combater, estando bastante limitado em termos de manobra, uma vez que se encontrava dentro da área portuária. Mesmo tendo causado danos significativos nalguns navios atacantes, o navio foi posto fora de combate em virtude do ataque sofrido e ditando assim o fim, após 426 anos, da presença portuguesa no subcontinente indiano.