O Museu de Marinha foi fundado em 22 de julho de 1863, por decreto real de D. Luís I, com o objetivo de se constituir uma coleção de testemunhos relacionados com a atividade marítima portuguesa.
D. Luís I seguiu a carreira das armas, como oficial de Marinha, dando-lhe um profundo conhecimento da realidade naval o que, juntamente com a elevada cultura que possuía, terá motivado a criação do Museu de Marinha durante o seu reinado.
Ao longo dos anos, o Museu foi passando por diversos locais, desde a Sala do Risco do Antigo Arsenal da Marinha em Lisboa, onde funcionava a Escola Naval, passando pelo Palácio dos Condes de Farrobo, nas Laranjeiras, até chegar à ala poente e norte do Mosteiro dos Jerónimos a 15 de agosto de 1962. Ao seu lado foi contruído um amplo pavilhão para a exposição de galeotas reais.
Sendo um Museu “de” Marinha e não apenas “da” Marinha, nele se procura mostrar a história marítima portuguesa no seu sentido lato e nas suas variadas vertentes: militar, comércio, pesca e lazer. O discurso museológico do Museu começa essencialmente no período áureo dos Descobrimentos Portugueses. A partir daí, conta a história da relação dos Portugueses com o Mar.
Os objetos que ajudam a contar essa história são bastante variados: modelos de navios e embarcações reais, quadros e gravuras, condecorações e armas, cartas de navegar e instrumentos de navegação, fotografias e diplomas, entre muitos outros.