O Museu Marítimo Almirante Ramalho Ortigão foi criado em 4 de janeiro de 1889, sendo ministro das Obras Públicas, Comércio e Indústria o Conselheiro Emídio Júlio Navarro. Teve origem na interessante coleção de modelos de redes, armações, aparelhos e barcos de pesca, estudados, mandados construir e montados pelo distinto Oficial da Armada e Engenheiro Hidrógrafo António Artur Baldaque da Silva.
Esta coleção foi adquirida pelo Governo por proposta do Inspetor e também oficial da Armada Francisco da Fonseca Benevides. Posteriormente juntaram-se modelos de construção Naval, aparelhos e instrumentos de navegação, modelos de navios, trabalhos de marinheiro, modelos de máquinas, cartas e planos hidrográficos, quadros a óleo representando peixes, moluscos e crustáceos mais importantes da indústria da pesca em Portugal.
Antes de chegarem à Escola Industrial Pedro Nunes em Faro, onde inicialmente ficou instalado o Museu Industrial Marítimo, as coleções estiveram provisoriamente expostas em Lisboa, na escola Industrial Marquês de Pombal. Em 1900, as coleções saíram de Faro para a exposição Universal de Paris e para a representação portuguesa na exposição do IV Centenário do Descobrimento da América (1892-1893), em Espanha.
O Museu teve a sua primeira casa na Escola Industrial Pedro Nunes, mas passou por outros locais até ser instalado no Paço Episcopal, quando foi entregue à Escola de Alunos Marinheiros do Sul, em 1916. Em 1929, por falta de espaço para expor as coleções, ponderou-se a possibilidade da sua transferência para Lisboa, para incorporar no futuro Museu de Marinha. Contudo, o Capitão-de-fragata Ramalho Ortigão foi a Lisboa expor ao Ministro da Marinha, que a Marinha apenas era fiel depositária do antigo Museu Industrial Marítimo e que este pertencia ao Algarve, acabando por obter a sua concordância.
Em 1964 o Museu foi instalado nas suas atuais instalações no Departamento Marítimo do Sul sendo hoje um polo do Museu de Marinha composto por 3 salas distintas: sala Baldaque da Silva, sala Lyster Franco, sala Manuel Bívar.