A captura de exemplares é a atividade indispensável à manutenção da exposição dedicada à fauna da costa portuguesa. São praticados vários métodos de captura ao longo da costa que vai de Cascais ao estuário do Sado. O Aquário possui um barco, o "Albacora II", de 17 metros de comprimento, preparado para pesca de arrasto e equipado com quatro tanques, com arejamento e circulação de água, que são usados para manter e transportar as colheitas.
Outros métodos utilizados são o arrasto para a praia (chinchorro), as armadilhas com isco (covos), o mergulho com escafandro autónomo e as colheitas na praia durante a maré vazia (estes dois últimos dirigidos principalmente à colheita de invertebrados).