A sobrevivência de peixes e invertebrados em aquário requer inúmeros cuidados, dos quais se destacam aqueles que estão relacionados com a manutenção de uma boa qualidade da água. A carga biológica dos aquários, ultrapassando largamente aquela que se verifica no meio ambiente natural, provoca a curto prazo a deterioração da qualidade da água por falta de oxigénio e pela acumulação de substâncias tóxicas provenientes dos restos de alimentação e dos dejetos dos animais. Nos últimos anos, todos os aquários de água salgada foram providos de sistemas de filtração individuais que permitem assim melhorar a qualidade da água, facilitando o condicionamento de temperatura e o isolamento para tratamento, sempre que necessário.
Por outro lado, é ainda necessário criar condições tão próximas quanto possível daquelas que as diferentes espécies encontram nos seus habitats de origem. Assim, fatores como a temperatura, luz ou tipo de habitat, são tidos em conta de acordo com as espécies que mantemos.