A saúde dos peixes está diretamente relacionada com a qualidade da água onde vivem. Na realidade, a maior parte das doenças podem ser evitadas depois de os peixes estarem bem adaptados, se o aquário estiver bem tratado e se mantiver estável. A profilaxia e tratamento dos peixes do Aquário Vasco da Gama é da responsabilidade do Gabinete de Química e Patologia que, com a colaboração do Serviço de Patologia dos Animais Aquáticos do Instituto Nacional de Investigação de Veterinária tem desenvolvido um trabalho notável no que respeita ao estudo das doenças dos peixes.